小学校５年生の四葉こころは、ちょっと不器用だけどやさしい女の子。「モノにはみんなたましいがある」というおばあちゃんの教えを守り、モノを大切にしている。ある日、こころが大切にしている色エンピツからモノのかみさま・ここたまが生まれた！名前はラキたま。ここたまには人に見つかってはいけない決まりがあるが、ラキたまは生まれて早々こころに姿を見られてしまう…

遺跡に眠っていた旧時代の惑星殲滅用兵器が目覚めようとしていた……。 ニナは黒い谷のマシロたちに合流するも、何も出来ない自分にひとり悩んでいた。一方アリカはマシロを探しに向かう。ナツキたちは惑星殲滅兵器対策にヴィントに戻る。遂に各国の惑星殲滅兵器が復活してしまい、各国オトメたちが応戦するも、善戦むなしく惑星エアルの最大の危機が迫る。マイスターオトメを次々に石化した敵・真祖も完全体となり、マシロたちの前に立ちふさがる。絶体絶命のマシロたちの前にアリカが合流するが……。

マイスターオトメになったというのに単位の足りないアリカ・ユメミヤは、今日もガルデローベで補習授業を受けていた。 そんな平和な日々のなか突然、惑星エアルに巨大隕石が迫る。この未曾有の危機を前に、初めて各国が協力し、マイスターオトメによる隕石迎撃作戦が行われる！ しかし、それは新たな物語の序章であり、惑星エアル史上最大の危機の幕開けだった!!