作品的舞台是战乱不绝的“肯修姆”大陆，其中拥有青之瞳的王国“瑟古亚”与拥有赤之瞳的帝国“尼特鲁多”围绕着大陆的占有率而不停开战，一直处于劣势的青之瞳的王国“瑟古亚”，因音速少年基亚的登场，改变了一直以来处于劣势的战况，故事便由此展开了。

　　小行星撞击地球，主要大地受到名为「忍」（シノビ）的毒害，形成异形攻击人类，人们只能逃向以前是海底的「海陆」；拯救的方法唯有复活「机神将」（机神将（ギガロード））。约五百年后，亡国「伊势」的公主巫女雨、与拥有人间兵器「柳生」（ヤギュウ）之血的少年周防二人挺身而出……