表面上看来，桃子（冰上恭子 配音）、百合（野上尤加奈 配音）、雏菊（宫村优子 配音）和红花（今井由香 配音）是四个活泼可爱个性开朗的女孩，可是在背地里，她们还有这另一重身份——为了拯救天使界而战斗的“爱天使”。随着时间的推移，曾经激烈的战斗已经成为了过往，过上了平静生活的四人逐渐失去了作为“爱天使”的记忆。　　一次旅途中，前往海边度假的四人意外的遭到了妖怪的袭击，之后现身的阿布罗狄女神（病藤真子 配音）恢复了四人的记忆。一枚神秘戒指的出现令来自魔界的普雷（矢尾一树 配音）再度蠢蠢欲动，而这枚戒指不再别处，正巧就在桃子的手中。

　　森の民の少年ポポは、平和な森に異変が起きた原因を調べるため旅立った父ペレの帰りを待ちわびていた。しかし森の異変は、ポポの母ピアまで変えてしまう。父ならば、母を助ける手がかりが分かるかもしれない。ポポは父に託されたドングリ型のペンダント「守護者の証」を胸に、父を追って旅立つ。　　旅の途中、ポポが持つ「守護者の証」を狙って、森の破滅を願うアダーと手下たちが、赤い目の甲虫を操りポポを襲撃するが、そのたびに何処からともなく巨大なカブトムシ「ムシキング」が現れポポを護るのだった。

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

　　2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！

　　故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……

　　奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。　　“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。　　面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”　　这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”　　然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。　　如今，冒险再度进化……

　　太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。

　　看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，　　缅因猫兽再度开始暴走。　　“不能让你诞生在世上…”　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。　　保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。　　随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。　　其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——　　被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，　　却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。　　同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…　　之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

　　世界的崩溃开始了。　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、　　用强大的力量进化成了秩序兽。　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、　　并尝试施行干涉现实世界的最终计划。　　为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。　　「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」　　绝望的迪路兽向大家说到。　　孩子们做出最后决定的时候到了。　　被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？　　现在，冒险将再一次进化。